Met behulp van een uitgebreid mondonderzoek en diverse röntgenfoto’s wordt een diagnose gesteld en wordt u geïnformeerd over de aard van de endodontische afwijking. Tevens bestaat de mogelijkheid een speciale 3D scan te maken van het gebitselement. Met name bij gecompliceerde behandelingen kan zo’n driedimensionale opname van grote waarde zijn voor het opsporen van ziekteprocessen en complexe anatomie van de wortelkanalen. Ook kan met een dergelijke scan een meer accurate diagnose worden gesteld waardoor een nauwkeuriger inschatting kan worden gemaakt van het succes van een behandeling.

Het kan natuurlijk ook voorkomen dat uw probleem een andere oorzaak heeft. Daarna wordt er een planning gemaakt voor de behandeling die meestal bestaat uit het uitvoeren van een wortelkanaalbehandeling of het opnieuw uitvoeren van een reeds bestaande wortelkanaalbehandeling. Meestal gebeurt dit onder lokale verdoving. Alle endodontische behandelingen worden uitgevoerd met behulp van de operatiemicroscoop, die het werkterrein tot 25 maal kan vergroten. Uiteraard komt dit de precisie ten goede. Sinds de komst van de operatiemicroscoop kunnen veel meer kiezen en tanden op een voorspelbare manier endodontisch worden behandeld.

De tand of kies wordt geïsoleerd met een rubberen vel (rubberdam), om te voorkomen dat het speeksel, waar heel veel bacteriën in zitten, in aanraking kan komen met het wortel-kanaalstelsel. Als het bovenste tandweefsel is verwijderd, wordt met vijlen het ontstoken weefsel verwijderd en worden de wortelkanalen schoon gemaakt.. Het is van belang het gehele wortelkanaalstelsel tot aan de wortelpunt schoon wordt gemaakt (resten kunnen later wederom klachten veroorzaken). Daarom worden gedurende de behandeling röntgenfoto's gemaakt, om de positie van de vijltjes te controleren en daarmee te controleren of de wortelpunt is bereikt. Als de kanalen schoon zijn, worden ze afgesloten met rubberen of kunsthars stiftjes en cement.
Omdat een wortelkanaalbehandeling een langdurige behandeling kan zijn, is het vaak niet mogelijk de behandeling in een keer af te maken. Tevens kan het zinvol zijn om eerst tekenen van genezing af te wachten voordat de wortelkanaalbehandeling wordt afgemaakt.
Tot slot wordt meestal een opbouw van kunststof (composiet) gemaakt, die de tand of kies weer voldoende stevigheid verleent en waarop later een kroon gemaakt kan worden. Om te controleren of de wortelkanaalbehandeling geslaagd is, is het noodzakelijk dat er na enige tijd een controle plaatsvindt waarbij ook weer röntgenfoto’s worden gemaakt. Zo kan de tandarts het beste de toestand van de wortelkanalen vergelijken met die van vóór de behandeling, en kan er beoordeeld worden of er genezing van de ontstoken wortelpunt heeft plaatsgevonden.